La iglesia de San Francisco en la localidad de Ayamonte (provincia de Huelva, Andalucía, España) es un templo católico que está situado en la plaza del mismo nombre, justo enclave que da paso del barrio antiguo denominado "La Villa", a su ensanche natural el barrio de La Ribera. El templo está consagrado a San Francisco.
Actualmente, está considerada como BIC (Bien de Interés Cultural), y fue declarada Monumento histórico-artístico perteneciente al Tesoro Artístico Nacional mediante decreto de 3 de junio de 1931.
Actualmente tiene su sede en el Templo la Muy Antigua, Real e Ilustre Hermandad Franciscana de Penitencia de la Vera Cruz, Santo Entierro de Cristo, y María Santísima en su Soledad.
Conocida popularmente como la Hermandad de la Soledad. Fundada en 1550.